این اقدام مدیران استقلال که باعث شد شفر بیش از یک ماه در ایران بلاتکلیف باقی بماند، سرانجام این مربی آلمانی را به ستوه آورد تا او تصمیم به شکایت از استقلال به محاکم قضائی فیفا بگیرد.
وینفرد شفر درباره علت شکایتش از استقلال گفت: من تمام فرصتی که برای پیدا کردن راه‌حل لازم بود، به مدیران استقلال دادم. بعد از هفته‌ها انتظار، مجبورم که برای روشن شدن تکلیفم به سراغ راه‌های قانونی بروم.
شکایت وینفرد شفر در حالی رقم می‌خورد که باشگاه استقلال مجبور می‌شود تا رقم بیش از یک میلیون دلار قرارداد او برای فصل آینده را پرداخت کند. این در حالی است که امیرحسین فتحی، مدیرعامل و علی خطیر، معاون ورزشی استقلال بارها بر این موضوع که قرارداد شفر با کمترین هزینه فسخ خواهد شد، تاکید کرده بودند اما به نظر می‌رسد این وعده آن‌ها پوچ بوده است.
